Negli anni ’50 del secolo scorso, sotto la guida del prof. Gabriele Goidànich direttore dell’Istituto di Patologia vegetale della Facoltà di Agraria dell'Università di Bologna e della sezione "Patologia vegetale" del locale Osservatorio per le Malattie delle piante, iniziò a operare presso tali strutture un gruppo di giovani ricercatori che, sulla base delle crescenti esigenze di informazione provenienti dalla pratica, affrontarono con studi collegiali ad ampio raggio il problema della conoscenza e gestione delle principali avversità biotiche che si stavano progressivamente diffondendo sulle colture agrarie allora in fase di rapida estensione.
Dopo una serie di incontri-dibattito organizzati su temi fitoiatrici di attualità a Firenze, di concerto con l'Istituto sperimentale per la Zoologia agraria, e a Bologna presso la Facoltà di Agraria, nel novembre 1956 si svolse presso l’Istituto di Patologia vegetale un incontro con tecnici e agricoltori dell’Italia centro-settentrionale, in cui furono presentati i "Risultati di una sperimentazione collegiale di lotta contro la peronospora della vite". In tale occasione fu reso ufficialmente noto il corpo di acquisizioni biologiche ed epidemiologiche su Plasmopara viticola prodotte dal gruppo di lavoro, che consentì di porre nuove basi per la gestione della malattia secondo i criteri di intervento mirato, ancora oggi diffusamente utilizzati (calcolo della prevista durata del periodo di incubazione in abbinamento alla già nota "regola dei 3 dieci"). Lo stesso incontro vide, peraltro, uno storico, acceso scontro fra sostenitori e oppositori dell'uso del rame in viticoltura, che si stavano fortemente contrapponendo nell’ambito della crescente diffusione dei fungicidi organici, zineb in particolare.
Un altro incontro dello stesso tipo ebbe luogo nell'aprile del 1958 e, sempre sulla base delle sperimentazioni collegiali attivamente condotte dal sopra ricordato gruppo di ricerca (che operava in stretta collaborazione con i tecnici degli Ispettorati agrari delle province limitrofe) portò a chiarire importanti aspetti della biologia ed epidemiologia degli agenti dell’oidio della vite, della bolla e del corineo del pesco, nonché delle linee di intervento più appropriate, ancora oggi pienamente valide (es. applicazione di ziram e thiram a fine caduta foglie contro bolla e corineo).
Infine, nel marzo 1959 in un analogo convegno, dedicato all'approfondimento di temi di patologia frutticola, furono presentati e dibattuti in maniera organica le acquisizioni scaturite dalle indagini pluriennali dedicate alla ticchiolatura del melo, che portarono a conoscenza dei tecnici diversi fondamentali aspetti della biologia ed epidemiologia di Venturia inaequalis e dei possibili interventi di lotta (compresi quelli postinfezionali basati sui parametri di Mills) che tuttora sono alla base della gestione della malattia.
L'interesse generale riscontrato per i suddetti incontri, imperniati primariamente sugli esiti della sperimentazione permanente in atto presso l'Istituto di Patologia vegetale e l'Osservatorio per le Malattie delle piante di Bologna, portò alla loro "istituzionalizzazione" nel 1962 attraverso le "Giornate Fitopatologiche" che, mantenendo la stessa struttura di momento di confronto e dibattito fra sperimentazione e assistenza tecnica, aprirono la possibilità di presentare contributi sperimentali originali a tutti coloro che a vario titolo operavano nel settore fitoiatrico. Nasceva cosi ufficialmente la manifestazione che, grazie anche al dinamismo del prof. Sergio Foschi che ha dapprima affiancato e quindi sostituito il prof. Goidànich nella sua conduzione, ha accompagnato lo sviluppo della fitoiatria italiana, raccogliendo periodicamente le testimonianze sperimentali di diversa origine pubblica e privata, riflettendo le acquisizioni e i cambiamenti che si sono incessantemente susseguiti nel corso dei decenni.
Dopo tre tornate svoltesi a Bologna presso la Facoltà di Agraria nel 1962, 1963 e 1967, venne introdotta nella formula delle "Giornate" la peculiarità del carattere itinerante, che ha portato la manifestazione a toccare quasi tutte le regioni italiane, accrescendo ulteriormente, grazie alla fattiva collaborazione di Istituzioni agrarie locali, il loro ruolo di atteso momento di confronto e scambio di esperienze sperimentali fitoiatriche, senza peraltro trascurare gli aspetti peculiari delle realtà agronomiche e sociali interessate.
Tale caratteristica, insieme a quella della predisposizione anticipata degli atti riportanti i testi dei lavori sperimentali oggetto di discussione, ha conferito alle Giornate Fitopatologiche un ulteriore valore documentario come testimonianza fedele della evoluzione della fitoiatria italiana nei primi cinquanta anni.
Dal 2006, anche alla luce dei cambiamenti in atto negli scenari politici, sociali e normativi con cui deve confrontarsi la protezione delle colture, le Giornate Fitopatologiche sono state oggetto di un ulteriore rinnovamento organizzativo e gestionale, in cui la Facoltà di Agraria dell'Università di Bologna è stata integrata da delegati dei servizi fitosanitari regionali e dell’industria agrofarmaceutica, che con il supporto di un comitato tecnico scientifico rappresentativo delle varie componenti attive in Italia nella difesa delle piante, hanno il compito di elaborare idee e suggerimenti per rendere la manifestazione sempre più rispondente alle aspettative ed esigenze degli operatori del settore fitoiatrico. In tale ambito, al tradizionale convegno biennale imperniato sulla presentazione e discussione di lavori sperimentali, sono stati affiancati altri eventi di una giornata dedicati ad approfondimenti e dibattiti su temi di attualità, spesso in collaborazione con altri organismi. Le Giornate Fitopatologiche si propongono quindi, rinnovandosi, di continuare a svolgere la tradizionale funzione di collegamento fra le diverse ed eterogenee entità operanti nel settore della difesa delle piante in Italia e di fornire un contributo alla gestione dei complessi meccanismi di sviluppo, consolidamento e diffusione delle conoscenze e innovazioni fitoiatriche.